Die Kirche zu Kliplev unterscheidet sich in zweierlei Hinsicht von den anderen Kirchen des Tingleffer Pfarrbezirks, denn einmal spielte sie in katholischer Zeit, aber auch noch später eine Rolle als Wallfahrtskirche, zum anderen war sie Patronatskirche der Besitzer des adeligen Gutes Seegard.
Diese beiden Aufgaben haben die Architektur der Klipleffer Kirche entscheidend geprägt.
In der östlichen Kapelle an der Nordseite der Kirche befand sich hinter einem tief sitzenden, vergitterten Fenster ein Nothelfer-Kruzifix, dessen Christusfigur mit einem knöchellangen Gewand bekleidet war. Wer in Bedrängnis war, wallfahrtete nach Klipleff, kniete vor dem Fenster nieder und brachte sein Anliegen vor. Anschließend steckte er eine Gabe in einen dort aufgestellten Opferstock. Das Nothelfer-Kruzifix bewahrte seine Anziehungskraft auch nach der Reformation, aber 1628 meinte ein Flensburger Ratsherr, dass der Heilige machtlos sei, »da doch der arme St. Helfer sich selbst nicht helfen kann«. 1808 lag die Figur noch auf einem der Gewölbe, ist aber später verschwunden.
Weil in Klipleff so viele Menschen zusammenkamen und der Ochsenweg mit seinen Viehherden in der Nähe vorbeiführte, entwickelte sich – ähnlich wie in Lügumkloster – ein Markt, der im Frühjahr und im Herbst abgehalten wurde. Als im Laufe der Zeit die Zahl der Pilger zum Kruzifix des Nothelfers immer größer wurde, genügte die ursprünglich vorhandene kleine Dorfkirche den Ansprüchen nicht mehr. Man riss sie deshalb bis auf zwei Kreuzgewölbe des Schiffes ab und errichtete um 1500 in der Verlängerung nach Osten einen hohen gotischen Chor mit drei Kreuzgewölben sowie die bereits erwähnte Kapelle für den St. Helfer und das Waffenhaus an der Südseite. Diese Bauvorhaben waren wahrscheinlich nur die erste Etappe eines weitergehenden Planes, der aber wegen der Reformation nicht zur Ausführung gelangte.
Die Architektur des Chores zeichnet sich durch eine Feinheit und Eleganz aus, wie man sie in Dorfkirchen sonst nicht vorfindet. 1958 entdeckte man am Westende das Fundament eines Turmes, aber man vermutet, dass dieser Anbau abgebrochen wurde, noch ehe er ganz fertig war.
Die Klipleffer Kirche hat immer einen Dachreiter gehabt, nur saß er früher auf dem Kirchenschiff, während er heute auf dem mittleren Kreuzgewölbe des Chores plaziert ist.
Drei Grabkapellen, die eine an der Nord-, die beiden anderen an der Südseite der Kirche, erinnern daran, dass Klipleff Patronatskirche war und dass infolgedessen die adligen Besitzer von Seegard hier zur letzten Ruhe gebettet wurden. Am längsten gehörte das Gut dem Geschlecht der Ahlefeldts. Als Claus von Ahlefeldt Ende des 15. Jahrhunderts starb, wurde Seegard unter seinen beiden Söhnen aufgeteilt. Wegen Erbstreitigkeiten machte man das so gründlich, dass man quer durch das Herrenhaus eine Mauer zog und in Klipleff um 1500 für jedes Halbgut eine Kapelle anbaute, die eine an der nordwestlichen, die andere an der südwestlichen Ecke der Kirche. Unter diesen Kapellen stehen die Särge in Gewölben, die öffentlich nicht zugänglich sind. Die Nordwestkapelle wird heute als Leichenkapelle genutzt. Eine dritte Kapelle wurde nach 1500 zwischen der Südwestkapelle und dem Waffenhaus errichtet. Sie ist jetzt ein Teil des Kirchenraumes.
In den Jahren 1956–58 wurde die Kirche gründlich restauriert. Dabei entdeckte man an der Decke des Chores Kalkmalereien, die der Flensburger Maler Johann von Enum in der Zeit 1606–10 schuf. Erhalten geblieben ist eine Darstellung des Jüngsten Gerichts, während ein Bild von der Sintflut zerstört ist.
Der Rokoko-Altar wurde 1774/75 von Peter Chr. Hansen aus Dalsager angefertigt. Es ist eine Nachbildung des Altars in der Flensburger Nicolaikirche. Die Bemalung stammt von Martin Lund, Flensburg.
Der Altartisch hat an seiner Vorderseite drei Bilder, die wahrscheinlich von einer abgebrochenen Empore stammen, die früher im Chor stand und von der Seegarder Herrschaft benutzt wurde. Zwei weitere Malereien hängen im sog. Uhrenhaus (St. Helfer-Kapelle, bzw. im Waffenhaus).
Zwei Altar-Engel sind heute in einer Seitennische untergebracht, während die beiden reich verzierten Abendmahlsschemel, die sich bis 1882 rechts und links dem Altar anfügten, jetzt hinter dem Altar stehen.
Das Taufbecken mit Himmel wurde 1613 in der Werkstatt des Flensburger Bildschnitzers Henrich Ringerink angefertigt. Es handelt sich um eine künstlerisch hochwertige Arbeit, und es ist daher für uns heute unverständlich, dass man die Taufe bei der Restaurierung 1882 kassierte. Sie diente in einem privaten Heim als Untersatz für eine Tischplatte, und die vier Evangelisten wurden auf einer Chorschranke angebracht. 1958 stellte man den alten Zustand wieder her. Auf einer der acht Relieftafeln am Himmel über dem Taufbecken wird ein Kind gesegnet.
Die Kanzel von 1610 stammt ebenfalls aus der Werkstatt Ringerinks und wurde von dem bereits erwähnten Maler Johann von Enum ausstaffiert.
In der ehemaligen St. Helfer-Kapelle steht heute ein Uhrwerk (dän. = sejervaerk = Zeigerwerk), das früher eine Uhr im Dachreiter und ein Glockenmännchen (dän. = kimermand) antrieb, das heute über der Tür der Kapelle auf einer Konsole steht und jede Stunde anschlägt.
Im Innern der Klipleffer Kirche sind jetzt noch zehn Grabdenkmäler vorhanden, nämlich:
Zwei Epitaphien. An der Ostwand der Nordwestkapelle für Catharina von Ahlefeldt, gest. 1587. An der Ostwand der Südostkapelle für Brigitte von Ahlefeldt, gest. 1580. Weil sie der Kirche 2000 Mark lübsch geschenkt hatte, brachte man 1617 das Epitaph an.
Acht Grabsteine. An der Ostwand der Nordwestkapelle für Frans von Ahlefeldt, 1559 in Dithmarschen gefallen, und Katrine von Ahlefeldt. Der Stein war früher im Fußboden eingelassen, wurde aber an der Wand angebracht, als der Raum Leichenkapelle wurde.
Im Fußboden der Südwestkapelle liegen sechs Grabsteine: Gregers von Ahlefeldt, 1559 in Dithmarschen gefallen; Ditlev von Ahlefeldt, gest. 1572; Mette von Ahlefeldt, gest. 1560; Gotfred von Ahlefeldt, gest. 1561; Benedict von Ahlefeldt, gest. zwischen 1509–13; Eibe von Ahlefeldt, gest. nach 1522; Godske von Ahlefeldt, gest. 1566; Johan von Ahlefeldt, gest. 1580; Margrethe von Ahlefeldt, gest.?. Im Chor an der Südwand für: Nicolai Hinrich Siebeth, gest. 1768; Margrethe Elisabeth Siebethen, gest. 1560. Der Verstorbene war 25 Jahre lang Inspektor auf Seegard.