Die Kirche in Ekensund ist am 22. September 1909 eingeweiht worden. Bis dahin gab es auf der Halbinsel Broackerland nur eine Kirche, nämlich die in Broacker.
Der Bau der Kirche ist auf die Eigeninitiative der Bevölkerung und besonders des Architekten Richard Dethlefsen zurückzuführen. Er wurde vom Kirchenministerium lediglich geduldet. Das Gebäude wurde nur als Kapelle akzeptiert, und die Bevölkerung wurde weiterhin von einem der beiden Pastoren Broackers betreut.
Erst 50 Jahre später erhielt Ekensund im Jahre 1959 den Status einer selbstständigen Kirchengemeinde mit einem eigenen Pastor. Das Material für den Bau der Kirche wurde in erster Linie von den örtlichen Ziegeleien Hüttmann und Rennberg kostenlos zur Verfügung gestellt, und Einwohner Ekensunds boten ihre Arbeitskraft an.
Der Initiator Richard Dethlefsen stammte aus einer eingesessenen Ziegeleibesitzerfamilie in Ekensund und entwarf die Zeichnung, inspiriert vom Dom in Königsberg, dessen Umbau und Restaurierung er kurz zuvor geleitet hatte. Der neugotische Stil ist unverkennbar. Die dekorativen glasierten Steine und die Formsteine, die die Fenster und das Eingangsportal umrahmen und den Altartisch schmücken, zeigen das große Können der bedeutenden Rennberger Ziegelei. Die roten Backsteinziegel der Ziegelei Hüttmann sind handgestrichen.
Der Altar ist eine Holzschnitzarbeit aus Südtirol und zeigt den gekreuzigten Christus, zu seinen Füßen Maria Magdalena und rechts bzw. links von ihm Maria und Johannes.
Bei Gottesdiensten liegt auf dem Altartisch eine silberbeschlagene Bibel, die die Kaiserin Auguste Viktoria mit einer eigenhändigen Inschrift der Kirche zu ihrer Einweihung geschenkt hat.
Wie der Altartisch ist auch die rechteckige Taufe mit der bronzenen Taufschale aus Backsteinen gemauert.
1966 erhielt die Kirche eine Marcussen-Orgel, die auf der westlichen Empore angebracht ist. Die Front der Empore ist in lateinischer Sprache mit dem Spruch aus Jesaja 64,1 versehen: »Utinam a facie tua montes defluerent« (Ach, dass doch die Berge vor deinem Antlitz zerflössen).
Die Glasmosaikfenster im Chor sind der Kirche von der Witwe des Broacker Propsten Reuter geschenkt und mit einer Widmungsinschrift der Stifterin versehen worden.
In der Kirche hängt ein Modell des Fünfmasters »København«, der im Jahre 1928 kurz vor Weihnachten auf seiner Fahrt von Buenos Aires nach Australien spurlos verschwand.
Die einzigartige Lage oberhalb der Flensburger Förde lässt die Kirche in Ekensund als ein ganz besonderes Schmuckstück erscheinen.